特殊法人が独立行政法人や株式会社に移行するに当たり、会計基準の変更に伴い発生した欠損金等について、法律に基づき、国からの出資金や貸付金を減少させるなどの会計上の処理が行われることがあるが、その結果として減少した国の資産の額は必ずしも明らかにはなっていない。また、特殊法人等の独立行政法人化により、運営費交付金の使途などに関する国会における財政統制が困難になっている。
　政府は、特殊法人の独立行政法人化等に伴い減少した国の資産の額及び減少した理由について法人別に明確にし、説明責任を果たすべきである。また、政策金融機関の整理・統合に当たっては、会計基準の変更に伴い発生する欠損金を国の資産により手当てすることに慎重であるべきであり、今後、これら欠損金について措置を講じた場合は、その内容を本委員会に報告すべきである。さらに、独立行政法人化により無償譲渡された政府資産の処分状況を始め、運営費交付金の使途及び剰余金の状況等については、その内容を厳しく精査し、情報公開に努めるべきである。