会計検査院は、国が21億8,000万円の和解金を支払うこととなった防衛省沖縄防衛局締結の地質調査等に係る業務委託契約において、必要な支出負担行為を行わないまま受託会社に追加業務を実施させる等、会計法令違反の重大な過失があったとして、平成21年12月、57年振りとなる懲戒処分要求を防衛省に対して行ったが、本件に関する政府の一連の対応は、大きな問題を残したと指摘せざるを得ない。
政府は、会計検査院法第31条等に規定される懲戒処分要求が行われた場合、爾後、指摘内容を真摯に受け止め、適切な措置を講ずるべきである。