本委員会は、平成13年４月に設立されたいわゆる先行独立行政法人の業務運営等について、会計検査院に対し会計検査を要請した。これに対する報告では、財務の状況に関して、運営費交付金の算定の際に自己収入を控除していないあるいは控除していてもその額が実績と乖離している法人があることや、随意契約の限度額が多くの法人で国の基準を上回り、その理由が必ずしも合理的なものではない法人が見受けられることなどが報告されている。加えて、各法人の業務実績の状況に関し、国立オリンピック記念青少年総合センター等の研修施設法人において、宿泊施設の稼働率が必ずしも高い水準となっていなかったり、利用者全体に占める主催事業参加者の割合が低くなっていたりしていることなども報告されている。
　また、国の契約における随意契約の多さが問題視されている中で、独立行政法人国立病院機構では、駐車場管理やエレベーター保守点検の業務委託、食堂・売店の施設貸付けなどについて、旧国立病院出身者が数多く天下りをしている民間企業に集中して随意契約をしていることが明らかになった。
　政府は、各独立行政法人に対し、会計検査院の報告内容を真摯に受け止めて改善を図るよう求めるとともに、制度本来の趣旨に沿った効率的な運営がなされているかとの観点から、厳格な評価をしていく必要がある。あわせて、独立行政法人制度において幾つかの問題が指摘されている状況を踏まえ、諸外国の例なども参考にしながら不断の改善を図っていく必要がある。また、中期目標期間終了時の見直しに際しては、各法人の政策目的が適当かあるいはその使命が果たされているかといった観点からも評価を行い、積極的に組織の統廃合及び事務事業の見直しを行うべきである。