独立行政法人において、従来の特殊法人をも上回るような役員報酬を定めたり、職員給与が平成十六年度の対国家公務員ラスパイレス指数で事務・技術職員が一〇七・一、研究職員が一〇三・二となっているなど、概して高い水準となっていることに加えて、国立病院機構において、特定の業者に種々の業務を随意契約により発注する一方で、旧国立病院から多くの天下りが行われている事実や、医薬基盤研究所の承継勘定において、政府出資金三百六億円の八十三パーセントに当たる二百五十四億円が繰越欠損金として計上され、国費の毀損が生じている事実等が見られることは、看過できない。
　政府は、独立行政法人の運営の大部分が国からの運営費交付金等により行われている実態にかんがみ、原則一般競争入札の徹底及び随意契約受注企業への天下りの抑制、事業実施に当たって収益見込み等の一層厳格な審査による政府出資金の欠損の最小化に努めるよう、指導すべきである。