参議院決算委員会の平成１５年度決算審査措置要求決議の第２０項目「（独）科学技術振興機構の収支改善について」の内容は次のとおりであり、文部科学省に対する措置要求である。
決議内容にある会計検査院の検査とは、会計検査院が平成１６年１０月２８日に「文献情報提供事業について」として意見を表示した中で明らかにされたもので、その全文は１５年度決算検査報告に「
科学技術振興機構における文献情報提供事業について、収支改善計画の見直しなどを適切に行い、収益性の向上を図るよう改善の意見を表示したもの」として記載されている。
決算委員会では、この問題について、文部科学省及び厚生労働省の決算を対象として審議した
１７年４月１１日の委員会において西田実仁委員（公明）が取り上げ、「もう企業でも、この間もある大手電機メーカーが経営者が替わっていましたけれども、二十年間こういう形で続いてきて、しかもこの直近の三年、事業収支の見直しがなされて、達成できないと。普通であれば当然体制を替えて、一新して臨んでいくというのが企業のやるべきことであり、また、実はこの収支改善計画にも民間的経営感覚という言葉を入れておりまして、この民間的経営感覚ということをうたっているにもかかわらず、執行体制はほとんど前と変わらないというのがちょっと信じ難いわけでございまして、ちょっと時間もございません、次の話題に移りますけれども、抜本的にやはりこの見直しをしてもらいたいというふうに要望させていただきたいと思います。」と締め括っている。
決議当日（１７年６月７日）の参議院決算委員会では中山文部科学大臣が「ただいまの……独立行政法人科学技術振興機構の収支改善についての審査措置要求決議につきまして、御趣旨を踏まえ、適切に対処してまいる所存であります。」と発言している。