現在31ある特別会計は、その歳出総額が17年度当初予算で411兆余円、純計額でも 205兆余円に達しており、その規模は一般会計を大きく上回っているが、透明性の欠如、不要不急の事業の実施、多額の不用、剰余金、積立金の発生、政府出資法人等への支出等に係る問題等、多くの問題点が存在する。
　とりわけ特別会計の不用、剰余金の抑制は喫緊の課題であり、政府は、各特別会計の性格に応じ、不用、剰余金を抑制するとともに、一般会計からの繰入れも抑制するなどの措置を講ずべきである。
　また、産業投資特別会計においては、ＮＴＴ株式売却収入を活用した無利子融資制度を原則廃止することとしたが、さらに、償還終了時の同特別会計社会資本整備勘定の廃止等の具体的措置について調査・検討する必要がある。さらに、産業投資特別会計から研究開発法人への出資状況とその有効性・効率性について調査・検討する必要がある。
　農業経営基盤強化措置特別会計においては、歳入額に対する歳出額の比率が著しく低く、多額の決算剰余金が生じている。同特別会計における各事業の執行状況と決算剰余金の使途について調査・検討する必要がある。
　空港整備特別会計においては、空港建設を始めとする空港整備事業等が行われている。関西国際空港二期事業の2007年限定供用決定の前提となった需要予測及び採算を確保するためには、関西国際空港株式会社の安定的な経営基盤の確立に向けた経営改善努力が不可欠になっている。政府は、同社の経営改善及び収益向上に取り組み、その有効性を検証すべきである。

　特別会計の歳出規模は純計額でも二百五兆余円と一般会計を大きく上回っており、透明性の欠如、不要不急の事業の実施、多額の不用・剰余金の発生、予算と執行の乖離、政府出資法人等への支出に係る問題等が一部の特別会計において見られることは、看過できない。
　政府は、各特別会計の性格に応じ、事務事業等の見直しとともに、一般会計からの繰入れの抑制、不用・剰余が生じている事業の縮減、事業の実態に即した適切な予算計上等、歳出・歳入両面での一層の合理化を行い、透明性の確保に努めるべきである。

（１）検査の対象
　　　内閣府、総務省、法務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省
（２）検査の内容
　　　各府省が所管する各特別会計についての次の各事項
　　(1) 情報公開等、透明性の状況
　　(2) 繰越額・不用額、決算剰余金、積立金等残高の推移
　　(3) 次の特別会計における予算の執行状況
　　　　・電源開発促進対策特別会計、特に予算積算との対比
　　　　・財政融資資金特別会計、特に予算積算との対比
　　　　・農業経営基盤強化措置特別会計、特に決算剰余金の処理状況
　　(4) 次の特別会計における政府出資法人への出資の状況
　　　　・産業投資特別会計産業投資勘定から研究開発法人への出資状況と出資先の財務状況
　　　　・電源開発促進対策特別会計から核燃料サイクル開発機構への出資状況と機構の財務状況
　　(5) 各特別会計の財政統制の状況

• 「農業経営基盤強化措置特別会計における決算剰余金等の状況について」は、１８年度予算に▲２９５億円反映させた。
• 「電源開発促進対策特別会計における剰余金の状況について」は、１８年度予算に▲５９５億円反映させた。

　次に、特別会計につきましては、行政改革の重要方針において、今後五年間において合計約二十兆円程度の財政健全化への貢献を目指すこととされており、平成十八年度予算において、合計約十三・八兆円の剰余金、積立金の活用を図ったほか、事務事業等を徹底して見直すことにより、人件費、事務費の削減約百七十五億円、特殊法人等への財政支出の削減約千九百九十九億円を実現したところであります。また、一般会計からの繰入額を約一・四兆円抑制するとともに、予算執行実績を予算へ反映するなど、歳入歳出両面で合理化を図ったところであります。
　なお、透明性の確保に関しましては、行政改革の重要方針において、一覧性、総覧性を持った形で国の財務状況を説明し十分な説明責任を果たすこととされており、特別会計の会計情報の開示内容を統一的に明示するため、法制上の措置も含め所要の対応を進めるなど、積極的な取組を行うこととしております。