外務省所管の財団法人国際教育情報センターにおいては、平成16年９月の外務省の立入検査により債務超過となっていることが判明し、同年11月、破産宣告を受けた。原因として、長引く不況により企業等からの会費、寄附収入や受注が減少したことや、理事長や事務局長の高齢化による事務の停滞等、同センター自身の運営体制の問題が挙げられるが、そもそも、外務省が定期的な立入検査を行ってきたにもかかわらず基本財産の取崩し等に気付かず、指導監督が十分でなかったことは、極めて問題である。
　文部科学省所管の財団法人日本学会事務センターにおいては、財務状況が長年にわたって徐々に悪化して債務超過に陥り、平成16年８月、破産宣告を受けた。同センターが文部科学省に提出した報告書では、財務状況悪化の原因として、長期借入金で取得した同センターの本部ビルに関し、その償還が適切に行われなかったことや、同センターが設立した株式会社に対する貸付金が回収困難に陥った上、同センターによる債権回収の努力もなかったことなどを挙げている。また、同センターは、文部科学大臣の承認手続を経ずに長期借入れを行い、その返済について学会からの預り金を無断流用した上、当該事実について平成14年度まで財務書類に計上していなかった。このような不適切な財務運営に一部の役員のみが関与し、長期間にわたり他の理事や監事によるチェック機能が働いていなかった上、文部科学省が同センターから報告を受けるまで財務状況の問題点を認識していなかったことは、ゆゆしき問題である。
　外務省及び文部科学省は、それぞれが所管する財団法人国際教育情報センター、財団法人日本学会事務センターの破産について、なぜ破産に至ったのか、どのような指導、監督が行われてきたのか等について、主務官庁として詳細な報告をするべきである。また、所管するすべての公益法人の財務状況を精査して問題点を整理し、その上で監査体制を見直すなど指導監督の強化徹底を図り、この種事案の再発防止に万全を期すべきである。