平成12、14及び15年度決算検査報告に、在外公館の職員による公金の着服など、在外公館における会計経理が適正を欠くと認められる事案が掲記されていた。
　さらに、平成15年度決算検査報告では、会計検査院が検査した21公館（在カンボジア、在モンゴル、在ラオス、在アルゼンチン、在エクアドル、在コスタリカ、在パナマ、在ホンジュラス、在オランダ、在ブルガリア、在ルーマニア、在トルコ、在チュニジア、在リビア各日本国大使館、及び在シアトル、在シカゴ、在デトロイト、在エドモントン、在トロント、在バンクーバー、在モントリオール各日本国総領事館）において、歳入徴収官、資金前渡官吏及び検査員が自ら行うべき重要な事務が当該者により行われていない、補助職員の範囲及びその事務の範囲が明確でないまま公金が取り扱われている、会計事務処理が適正に行われていない事態があった。また、在ラオス大使館及び在エドモントン総領事館においては、現金が領得される事態があった。平成16年10月28日、会計検査院は、外務大臣に対し、在外公館における出納事務について、内部統制等を十分機能させることなどにより、その適切及び適正な執行を図るよう是正改善の処置要求を行った。
　外務省は、外務省改革の一環として、特別集中査察を平成13年度から平成15年度末までに130の在外公館に対して実施した。前述の会計検査院が検査した21公館のうち 17公館ではこの特別集中査察が実施されていたが、会計検査院から指摘された事態を含め必ずしも是正されるには至っていなかった。
　外務省は、内閣官房報償費をめぐる不祥事以来、綱紀粛正と意識改革の必要性が再三指摘されながら、会計検査院から更なる指摘を受け、また外務省改革に取り組んでいる中、職員による公金の着服が行われたことは、極めて遺憾である。外務省は、出納事務手続について会計検査院から受けた指摘を厳粛に受け止め、事務の範囲の明確化、会計法令の遵守の一層の改善に取り組み、内部統制、相互牽制が十分機能するよう努めるべきである。